Santa Anna salió con cinco mil hombres bien armados a combatir a los rebeldes; llegó a Chilpancingo el 30 de marzo y para el 20 de abril atacó el Fuerte de San Diego en Acapulco, pero fue rechazado por Comonfort. La entrada de las lluvias, el clima y la carencia de víveres, obligaron a López de Santa Anna a abandonar la zona de operaciones.
Todo el camino de retirada fue un campo de batalla constante contra los guerrilleros, hasta que López de Santa Anna llegó a la capital e hizo aparecer a su campaña como todo un triunfo. El coronel Comonfort, comisionado por don Juan Álvarez, embarcó para Estados Unidos a efecto de allegarse recursos. En San Francisco no encontró ayuda y marchó a Nueva York.
Un negociante llamado Gregorio Ajuria le prestó 60 mil pesos, con la condición de que al triunfo de la revolución se le darían 250 mil pesos en oro. Compradas armas, municiones y algún equipo, el coronel Comonfort fletó un barco estadounidense que lo trajo a Zihuatanejo, a donde llegó el 7 de diciembre.
Estableció su cuartel general en Huetamo, Michoacán, y desde allí empezó las operaciones. Pasó a Jalisco y se apoderó de Zapotlán; luego pasó a Colima y de ahí regresó a Sayula y amenazó a Guadalajara.
López de Santa Anna, al ver lo incontenible de la revolución y que ésta se extendía por todas partes, abandonó el país el 9 de agosto de 1855 y el general Juan Álvarez asumió la presidencia, nombrando al general Comonfort ministro de Guerra, cargo que desempeñó del 10 de octubre al 10 de diciembre de 1855.
